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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
碳源是微生物生长一类营养物，是含碳化合物。
常用的碳源有糖类、油脂、有机酸及有机酸酯和小分子醇。
根据微生物所能产生的酶系不同，不同的微生物可利用不同的碳源。
碳源对微生物生长代谢的作用主要为提供细胞的碳架，提供细胞生命活动所需的能量，提供合成产物的碳架。
碳源在制作微生物培养基或细胞培养基时有重要的作用，为微生物或细胞的正常生长，分裂提供物质基础。
随着废水脱氮要求的提高，碳源的生产技术也在不断提高，主要是通过生物工程原理，发酵一些糖类和农业废弃物，生产无毒无害的生物制品，其主要成分是小分子有机酸、醇类和糖类。与单一化学品相比，更容易被微生物利用，使用成本也比单一化学品便宜，因此具有极高的性价比。
