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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
复合碳源是微生物生长一类营养物，是含碳化合物。碳源是指二氧化碳气体成分从地球表面进入大气或者在大气中由其他物质经化学过程转化为二氧化碳气体成分。
凡是可以被微生物利用,构成细胞代谢产物碳素来源的物质,统称为碳源物质.碳源物质通过细胞内的一系列化学变化,被微生物用于合成各代谢产物.微生物对碳素化合物的需求是极为广泛的,根据碳素的来源不同,可将碳源物质分为无机碳源物质和有机碳源物质。碳源微生物生长的必须元素，主要消耗于释磷和反 。碳源含量低，可造成出水脱氮除磷，效果较差；RS-627新型碳源1号是一种新型生物脱硝补碳产品，此产品能够到经济性、实用性和性的协调统一。
微生物常用的复合碳源物质分为有机碳源和无机碳源两种。有机碳源包括各种糖类、蛋白质、脂肪、有机酸等。微生物生长繁殖或积累代谢产物的营养基质。任何培养基中均需含有微生物所必需的能源、碳源、氮源、矿质元素、水和生长因素，但不同营养类型、不同种类的微生物对营养元素的要求又有很大差异。
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高效复合碳源过促进聚磷菌和反硝化聚磷菌在厌氧、好氧交替状态下迅速生长, 使其好氧吸磷量大大超过厌氧释磷量, 即增强微生物对磷的内吸收, 并在好氧末端通过对富磷污泥的排放, 达到除磷的效果。
反硝化菌是属于异养型兼性厌氧菌, 在缺氧的条件下以 NOx-N 电子受体, 以有机物为电子供体, 反硝化菌利用碳源将亚硝酸盐氨, 硝酸盐氮还原成气态氨(N2). 高效复合碳源作为有机物为电子供本, 可有效的给反硝化菌提供能量, 加强反硝化反应进行脱氮。