工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算审核是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程预算的确定与控制．从而达到提高投资效益的经济效益目的的行为，是确定造价的实施过程和行为根据项目审计与工程预算审核在依据、标的、目的、法律效力、从业人员等方面是有本质区别。
工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、单位工程竣工验收程序：工程竣工验收由建设单位组织勘察、工程预算编制、施工、监理等单位和其他有关方面的专家进行工程验收。（1）单位工程完工后，施工单位自行组织检查评定，并向建设单位提出交工验收投告。（2）建设单位收到工程验收报告后，应由建设单位（项目）负责人组织施工（合分包单位）、工程预算编制、监理等单位（项目）负责人进行单位（子单位）工程验收。
工程预算编制的流程：
1.预算部经办人根据招标谈判约定条件，结合公司前期合同样本起草合同草案（技术质量及工期指标由工程部提供），该草案内容是经施工单位认可的内容。
2.将合同草案交律师审阅。
3.施工单位工程预算签字盖章后的合同，签交与律师审核见证。
4.合同经办人、工程预算主管、总经理助理签字认可。
预算部根据采购计划会同工程部拟定招标文件（预算部拟定经济费用指标、工程部拟定技术质量指标），向合格供方单位发放招标通知（电话或书面均可）工程分类定标：由工程部和预算部在合格供方单位中选择1~3家进行比较分析，然后共同确定中标单位。