分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算的审核依据主要包括：
1、 有关工程建设和造价管理的法律、法规和方针政策。
2、施工图设计项目一览表、各专业施工图设计图纸和文字说明、工程地质勘察资料。
3、主管部门颁布的现行预算定额以及工程量清单计价规范。
4、施工组织设计或施工方案。
5、费用计算规则及取费标准。
6、预算工作手册或建材五金手册。
7、地区人工工资、材料及机械台班预算价格若有两次以上结算或签订两份以上合同产生两份以上结算时，在分次结算中要注意之前结算与之后结算的工程量衔接，之前结算一定要用文字或图示标（说）明已结范围和位置，之后结算要在结算前先核对之前各结算书已结时间段、位置和范围，避免重复。要求现场工程师在向成本控制中心报送资料中定要注明每次结算的实际施工位置或距离。
工程预算它是指审计人员在审计过各中会同被审计单位有关人员与施工单位有关人员及现场监理人员到建筑现场，对有疑点的隐蔽工程进行挖开核实工程做法与工程量、价款的方法。抽样测定法较为直接，容易验证出问题的真假，但是审计风险较大，所以一般在确有问题时方可实行抽样定点的方式。例如：某年审计某项工程时，审计人员通过了解得知，该项目管道回填施工时未按设计要求进行筛土回填，且未做警示标志。经现场抽样开挖发现有两个标段的部分施工班组未按设计要求施工。
工程预算编制三阶段如何进行：
①、做好招投标阶段的工程造价的控制，合理确定招标控制价，并根据投标报价来确定中标的工程造价。
②、科学确定承包合同价.
③、结算阶段的造价控制.
基建工程造价管理的作用：
1、合理使用人力、物力、财力和自然资源，跟踪审计造价控制措施一、参加图纸会审，对会审内容进行造价评估，及时与委托方和建设项目参与方进行沟通，对不合理的内容提出参考意见。二、对施工组织工程预算编制进行评估，施工组织工程预算编制有无增加造价的内容，提出合理化建议，协助委托方审批施工组织工程预算编制。三、工程进度款的控制，根据进度及时测算工作量及造价，协助委托方控制进度款拨付。四、及时测算工程预算编制变更现场签证的造价，并及时给委托方汇报，并提出有效解决方案。五、对重大材料采购进行市场询价与定额信息价比对，提供询价服务。六、与建设、监理、施工企业建立良好的信息沟通渠道。